Baixa médica, parentalidade e outras licenças: como registar ausências sem erros no processamento salarial
Baixa médica, licença parental, dispensa para amamentação, assistência a filho, luto, falta por endometriose e licença sem retribuição são ausências legítimas, mas cada uma tem um pagador diferente. A baixa por doença não é paga pela empresa: a Segurança Social paga o subsídio de doença, em regra a partir do 4.º dia. A licença parental é paga pela Segurança Social. A dispensa para amamentação, o luto, o luto gestacional e a falta por endometriose ou adenomiose são pagos pela empresa. A licença sem retribuição não é paga por ninguém.
O erro mais comum no processamento salarial é registar todas estas ausências da mesma forma e deixar o gabinete de contabilidade a adivinhar quem paga cada uma.
Baixa médica: o CIT, a autodeclaração e os três dias de espera
A falta por doença é justificada (artigo 249.º, n.º 2, alínea d)), mas determina perda de retribuição quando o trabalhador está abrangido por um regime de segurança social de proteção na doença (artigo 255.º, n.º 2, alínea a)), o que é a regra. A empresa não paga os dias de baixa, salvo se o IRCT ou o contrato o previrem.
O documento é o certificado de incapacidade temporária (CIT), emitido pelo médico e enviado eletronicamente pelo serviço de saúde à Segurança Social. Se o envio eletrónico não for possível, o CIT é entregue à Segurança Social no prazo de 5 dias úteis a contar da emissão. Para doença até três dias consecutivos, no máximo duas vezes por ano, o trabalhador pode usar a autodeclaração de doença do SNS 24, sob compromisso de honra (artigo 254.º, n.os 2 e 5). A autodeclaração justifica a falta mas não dá direito a subsídio de doença. Em qualquer caso, o trabalhador comunica a ausência logo que possível (artigo 253.º), e o empregador pode exigir prova nos 15 dias seguintes à comunicação (artigo 254.º, n.º 1).
Para trabalhadores por conta de outrem, o subsídio de doença tem um período de espera de três dias e é pago a partir do 4.º dia de incapacidade. É pago desde o 1.º dia em caso de internamento hospitalar ou cirurgia de ambulatório, tuberculose, ou doença que comece durante o subsídio parental e vá além dele. Se a autodeclaração for seguida de um CIT, ou coincidir com ele, os seus dias contam para o período de espera.
O valor diário é uma percentagem da remuneração de referência (RR): 55% até 30 dias, 60% dos 31 aos 90 dias, 70% dos 91 aos 365 dias e 75% a partir daí. Nos escalões de 55% e 60%, há mais 5% quando a RR é igual ou inferior a 500 €, quando o agregado tem três ou mais descendentes até 16 anos (ou até 24, se receberem abono de família) ou quando inclui descendentes com bonificação por deficiência. A RR diária soma os salários dos 6 primeiros meses dos últimos 8 anteriores ao mês da baixa, sem subsídios de férias e de Natal, e divide-os por 180.
Exemplo: uma trabalhadora com 1.100 € mensais e 40 horas semanais tem um CIT de segunda-feira, 02/11/2026, a sexta-feira, 13/11/2026: 12 dias de incapacidade, dos quais 10 são dias de trabalho. A empresa não paga esses 10 dias: 10 × 8 × 6,35 = 508,00 €, com o valor da hora do artigo 271.º (um IRCT pode fixar outro critério). A RR diária é 6.600 / 180 = 36,67 €, e a Segurança Social paga do 4.º ao 12.º dia, 9 dias a 55%: 9 × 20,17 = 181,53 €.
Falta por endometriose ou adenomiose (artigo 252.º-B)
Desde 26/04/2025 (Lei n.º 32/2025), a trabalhadora que sofra de dores graves e incapacitantes provocadas por endometriose ou adenomiose durante o período menstrual pode faltar justificadamente até três dias consecutivos por cada mês de trabalho, sem perda de qualquer direito, incluindo a retribuição (n.º 1). A prova é a prescrição médica que atesta a doença com dores incapacitantes, entregue ao empregador uma vez, sem renovação mensal (n.º 2); quanto ao resto, aplica-se o artigo 254.º (n.º 3).
Parentalidade: licença inicial, licença do pai e amamentação
A licença parental inicial é de 120 ou 150 dias consecutivos, que a mãe e o pai podem partilhar após o parto (artigo 40.º, n.º 1). É acrescida de 30 dias se cada um dos progenitores gozar em exclusivo 30 dias consecutivos, ou dois períodos de 15 dias consecutivos, depois do período de gozo obrigatório da mãe (n.º 3). Partilhar a licença, por si só, não dá direito aos 30 dias extra. Depois de 120 dias consecutivos, os progenitores podem cumular os restantes dias da licença com trabalho a tempo parcial (n.º 4). Em nascimentos múltiplos, acrescem 30 dias por cada gémeo além do primeiro (n.º 6).
A licença é paga pela Segurança Social, através do subsídio parental, cujo valor depende da modalidade escolhida. A empresa não paga retribuição, mas o tempo conta como prestação efetiva de trabalho (artigo 65.º, n.º 1). Em outubro de 2026, a Assembleia da República aprovou, a 16/10/2026, uma alteração à licença parental e uma jornada contínua para pais, que ainda aguardam promulgação e publicação: até lá, aplicam-se as regras descritas aqui.
A licença parental exclusiva do pai (artigo 43.º, na redação da Lei n.º 13/2023) é de 28 dias obrigatórios, seguidos ou em períodos de pelo menos 7 dias, nos 42 dias seguintes ao nascimento, sendo 7 gozados de seguida logo após o nascimento (n.º 1). Depois, o pai tem ainda direito a 7 dias, seguidos ou interpolados, gozados em simultâneo com a licença parental inicial da mãe (n.º 2). Em nascimentos múltiplos, acrescem dois dias por cada gémeo além do primeiro (n.º 4).
A dispensa para amamentação (artigo 47.º) dura enquanto durar a amamentação; sem amamentação, qualquer dos progenitores, ou ambos, tem dispensa para aleitação até o filho fazer um ano. É gozada em dois períodos distintos de, no máximo, uma hora cada, salvo outro regime acordado; acresce meia hora por cada gémeo além do primeiro e, a tempo parcial, é proporcional, com um mínimo de 30 minutos. A trabalhadora comunica-a com 10 dias de antecedência e apresenta atestado médico se se prolongar além do primeiro ano (artigo 48.º). A dispensa é paga pela empresa e conta como prestação efetiva de trabalho (artigo 65.º, n.º 2). Os outros direitos dos pais no horário estão no artigo sobre horário flexível e direitos dos pais.
Assistência a filho e a familiares
O trabalhador pode faltar até 30 dias por ano para assistência inadiável e imprescindível, em caso de doença ou acidente, a filho menor de 12 anos ou, independentemente da idade, com deficiência ou doença crónica, e durante todo o período de hospitalização. Para filho com 12 ou mais anos são 15 dias por ano, desde que, sendo maior, faça parte do agregado familiar. Acresce um dia por cada filho além do primeiro, e o pai e a mãe não podem faltar em simultâneo (artigo 49.º). A empresa não paga a retribuição, mas as faltas contam como prestação efetiva de trabalho (artigo 65.º, n.º 1), e o trabalhador pode pedir o subsídio à Segurança Social.
O artigo 252.º prevê até 15 dias por ano para assistência inadiável e imprescindível, em caso de doença ou acidente, a cônjuge ou pessoa em união de facto ou economia comum, a parente ou afim na linha reta ascendente ou no 2.º grau da linha colateral. O direito estende-se ao cuidador informal não principal (n.º 2). Acrescem 15 dias quando o cônjuge ou unido de facto tem deficiência ou doença crónica (n.º 3). Estas faltas não são pagas pela empresa (artigo 255.º, n.º 2, alínea c)), mas contam como prestação efetiva de trabalho (n.º 3).
Luto e luto gestacional
As faltas por falecimento são pagas pela empresa (artigo 255.º, n.º 1) e têm prazos fixos (artigo 251.º):
- até 20 dias consecutivos por cônjuge não separado de pessoas e bens ou equiparado, filho ou enteado, e por pessoa que viva em união de facto ou economia comum com o trabalhador;
- até 5 dias consecutivos por outro parente ou afim no 1.º grau da linha reta, como pais, sogros, padrasto ou madrasta, genro ou nora;
- até 2 dias consecutivos por outro parente ou afim na linha reta (avós, netos) ou no 2.º grau da linha colateral (irmãos, cunhados). Tios, sobrinhos e primos não estão abrangidos.
Quando não haja licença por interrupção da gravidez, a trabalhadora pode faltar até 3 dias consecutivos por luto gestacional. O pai pode faltar até 3 dias consecutivos tanto nesse caso como quando a mãe goza a licença por interrupção da gravidez (artigo 38.º-A, n.os 1 e 2). Estas faltas também são pagas pela empresa (artigo 65.º, n.º 2). A lista completa de faltas está no artigo sobre faltas justificadas e injustificadas.
Licença sem retribuição e ausências longas
A licença sem retribuição é concedida pelo empregador a pedido do trabalhador (artigo 317.º, n.º 1). Para formação com mais de 60 dias, o trabalhador tem direito a ela, salvo os motivos de recusa da lei (n.os 2 e 3). Suspende o contrato (n.º 4): não há retribuição, mas o tempo conta para a antiguidade (artigo 295.º, n.º 2) e o trabalhador retoma o posto no fim. Não é uma falta e não pode ser tratada como injustificada.
A baixa que se prolongue por mais de um mês, ou que se preveja que vá durar mais, suspende o contrato por impedimento prolongado (artigo 296.º, n.os 1 e 3). Isso tem reflexo nas férias do ano em que o impedimento termina (artigo 239.º, n.º 6), e a doença durante as férias suspende-as, como explicamos no artigo sobre férias.
Os erros que mais aparecem no processamento salarial
- Tratar os três dias de espera como pagos sem que o IRCT ou a empresa o tenham decidido, ou descontá-los quando o IRCT obriga a pagá-los.
- Registar a falta por endometriose como baixa e descontá-la.
- Converter uma baixa em falta injustificada porque o comprovativo chegou tarde, quando o empregador tem 15 dias para o pedir e o trabalhador um prazo razoável para o entregar.
- Pagar 2 dias de luto pela morte de um tio ou de um primo sem os registar como falta autorizada pelo empregador.
- Renovar a baixa longa mês a mês no sistema em vez de a registar pelo período completo, o que faz aparecer faltas nos primeiros dias de cada mês.
Como registar baixas e licenças
Use um tipo de ausência por regime: baixa médica, falta por endometriose, licença parental, licença do pai, dispensa para amamentação, assistência a filho, assistência a familiar, luto, luto gestacional e licença sem retribuição. Cada tipo tem data de início e de fim, o comprovativo anexado e a indicação de quem paga: empresa, Segurança Social ou ninguém. Assim, o sistema deixa de gerar faltas nos dias cobertos e o relatório de fecho separa o que entra no processamento salarial do que não entra. Estes dados alimentam também os indicadores de absentismo.
As dispensas diárias, como a amamentação, registam-se como redução do horário esperado, para que a saída mais cedo não apareça como ausência parcial a somar no fim do mês. Explicamos a rotina no artigo sobre o fecho mensal dos tempos de trabalho, as mudanças na declaração mensal à Segurança Social no artigo sobre a declaração à Segurança Social e o fecho mensal e o caso dos gabinetes que processam vários clientes no artigo sobre gabinetes de contabilidade.
Fontes
- Lei n.º 32/2025 (artigo 252.º-B, falta por endometriose ou adenomiose)
- Lei n.º 13/2023 (licença do pai, luto gestacional, cuidador informal)
- Instituto da Segurança Social, Guia Prático – Subsídio de Doença (5001 – v4.55, 14/07/2026)
Como o PontoSimples ajuda a registar baixas e licenças
O PontoSimples é um sistema de controlo de ponto em nuvem com controlo de férias e de ausências. Cada trabalhador pica o ponto pela aplicação (Android e iOS) ou pelo site, e o gestor regista as baixas, as licenças e as dispensas por período e por tipo, com o absentismo calculado automaticamente e o histórico guardado em nuvem para consulta imediata.
Os gestores consultam relatórios personalizados e painéis por tipo de ausência e fazem o fecho de ponto com exportação em Excel ou PDF para o gabinete de contabilidade. Experimente gratuitamente durante 30 dias, sem fidelização, em pontosimples.pt.
